Астрономия и микроскопия

Форум сайта "Два Стрельца"
Текущее время: 13 авг 2025, 14:08

Часовой пояс: UTC + 3 часа




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 288 ]  На страницу Пред.  1 ... 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 ... 20  След.
Автор Сообщение
СообщениеДобавлено: 23 мар 2024, 22:14 
Не в сети

Зарегистрирован: 09 апр 2014, 23:33
Сообщения: 2156
Откуда: Хабаровск - СПб
ИНО писал(а):
О, пока предыдущий пост набирал, список литературы подрос до двух источников. Вот только достаточно прочесть названия (а уж это я могу даже без словаря), как становится понятно, что ничего подтверждающего Ваше громкое заявление о якобы принципиальном неиспользовании морфологических признаков современными протистологами там нет и в помине. В очередной раз Вы раздули из мухи слона и натянули сову на глобус.
Никакого бинго - Вы привели статьи, утверждающие возможность описания вида без морфологических отличий, а вовсе не это:

А вы чем недовольны? В статье рассказано, что в пределах одного "морфологического вида" может существовать несколько разных "молекулярных" видов. Посмотрите в статье на филогенетическое дерево, построенное на основе сиквенсов COXI. "Intraspecific Genetic Variation" - внутривидовая генетическая изменчивость. В то время протистологи ещё чётко не представляли, какой вид более "правильный" - морфологический или молекулярный. Тогда в приоритете был "мофологический вид", потому и название такое "Intraspecific Genetic Variation..." Но сейчас уже всё поменялось.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам


Вернуться к началу
 Профиль  
 

СообщениеДобавлено: 23 мар 2024, 22:28 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 25 сен 2023, 01:39
Сообщения: 2283
Это я знал и без данной статьи, но к постулированному Вами отказу от морфологических методов в протистологии оно имеет примерно такое же отношение, как изобретение лазерной хирургии к выводу из обращения скальпеля (нет).


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 23 мар 2024, 22:35 
Не в сети

Зарегистрирован: 09 апр 2014, 23:33
Сообщения: 2156
Откуда: Хабаровск - СПб
ИНО писал(а):
Это я знал и без данной статьи, но к постулированному Вами отказу от морфологических методов в протистологии оно имеет примерно такое же отношение, как изобретение лазерной хирургии к выводу из обращения скальпеля (нет).

Протистолог, описывая новый вид протиста, обязательно должен сначала тщательно изучить и описать морфологию протиста. У Вас не примут описание нового вида к публикации на основе только лишь одних сиквенсов)). Но и без сиквенсов на основе лишь одной морфологии уже сложно опубликоваться в приличном журнале. Я нигде и никогда этого не писал, что описывать новый вид можно без морфологии.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 23 мар 2024, 23:58 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 25 сен 2023, 01:39
Сообщения: 2283
Разве я говорил об описании новых видов? Я говорил об определении старых. Перечитайте внимательно. Это касательно инфузорий. Но протистами не исчерпывается биология, и есть много классов животных, где описание видов до сих пор происходит, как правило, без молекулярки и, увы, зачастую вообще без чего-то, кроме голой морфологии. Нашли в коллекции первой половины прошлого века один экземпляр, кажущийся сильно непохожим на всех известных - описали вид. Дикость, да, но в реальности происходит именно это. И никто их не выгоняет, наоборот поощряют. Ботаники применяют молекулярку еще реже, но им легче с другими критериями вида, поскольку одни и те же особи растений можно наблюдать годы напролет и достаточно точно определить, кто с кем скрещивается и плодовитое ли дает при этом потомство. И через 10 лет будет примерно то же, вот попомните мое слово. Через 50, может, что-то поменяется в корне, но из числа нынешних таксономистов выгонять с будет уже некого. Так что насчет этого Вы явную чепуху написали.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 00:36 
Не в сети

Зарегистрирован: 09 апр 2014, 23:33
Сообщения: 2156
Откуда: Хабаровск - СПб
ИНО писал(а):
Разве я говорил об описании новых видов? Я говорил об определении старых. Перечитайте внимательно. Это касательно инфузорий.

Как Вы узнаете, какой конкретно вид описывал исследователь когда-то давно, если вдруг в настоящее время выясняется, что под этим видом могут "скрываться" несколько очень похожих и трудноотличимых на уровне морфологии видов, и из первоначального описания вида нельзя сделать однозначный вывод??? Хотя если вдруг чудом сохранилась живая клональная культура того штамма, с которого делали описание, то тогда эта задача легко решается. А что делать, если даже постоянный микропрепарат не сохранился?
ИНО писал(а):
Ботаники применяют молекулярку еще реже, но им легче с другими критериями вида, поскольку одни и те же особи растений можно наблюдать годы напролет и достаточно точно определить, кто с кем скрещивается и плодовитое ли дает при этом потомство. И через 10 лет будет примерно то же, вот попомните мое слово. Через 50, может, что-то поменяется в корне, но из числа нынешних таксономистов выгонять с будет уже некого. Так что насчет этого Вы явную чепуху написали.

Как Вы будете определять скрещиваются ли разные виды растений или животных и дают ли они плодовитое потомство? Эксперимент по скрещиваю будете ставить? И сколько на это Вы потратите времени? А если это агамные виды, что тогда делать и какие критерии для разграничения вида Вы тогда будете использовать? Проблема разграничения видов гораздо более сложная, чем Вам кажется. Таких случаев - вагон и маленькая тележка, когда исследователь затрудняется ответить на вопрос - изучаемый им организм следует отнести к какому-либо уже описанному виду, или его нужно описать как новый вид. Молекулярные методы как раз позволяют хоть как-то решить эту проблему. Почитаете про такое понятие, как "баркодинг" (англ. barcoding) в молекулярной систематике.

ИНО писал(а):
Ботаники применяют молекулярку еще реже

Вы у нас явно не ботаник, откуда Вы это знаете, часто они или редко применяют молекулярные методы в исследованиях? Вы же не читаете современную научную литературу на английском языке)) Потрудитесь тогда дать ссылку на это Ваше это сомнительное утверждение, иначе это всего лишь пустые слова ни о чём.
Вот, например:
Kress W. J. et al. Use of DNA barcodes to identify flowering plants //Proceedings of the National Academy of Sciences. – 2005. – Т. 102. – №. 23. – С. 8369-8374.
Статья примерно двадцатилетней давности. Сейчас, я думаю, методы молекулярной систематики в ботанике применяются ещё чаще.
Ещё один пример. Применение молекулярной систематики для идентификации птиц:
Hebert P. D. N. et al. Identification of birds through DNA barcodes //PLoS biology. – 2004. – Т. 2. – №. 10. – С. e312.
Пауки:
Barrett R. D. H., Hebert P. D. N. Identifying spiders through DNA barcodes //Canadian Journal of Zoology. – 2005. – Т. 83. – №. 3. – С. 481-491.
Таких ссылок, на успешность применения методов молекулярной систематики для разных групп животных и растений я Вам могу целую кучу найти и накидать.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам


Последний раз редактировалось Microbiologist 24 мар 2024, 01:54, всего редактировалось 1 раз.

Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 01:50 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 25 сен 2023, 01:39
Сообщения: 2283
Вы думаете, это волшебная пуля для таких случаев? Просто иногда четкой границы между видами нет ни в каком смысле. Мое мнение такого что в этих случаях надо принять существование единого вида, пусть даже внутри него имеются группы популяций (скажем подвиды), обмен генетической информацией между которыми происходит редко. И даже если на деле там окажется два или более самостоятельных вида, лучше подождать с их разделением до накопления больших знаний, дабы не оконфузиться. Но страдающих описательство зудом такой консерватизм не устраивает.

Нет, эксперименты по скрещиванию не годятся в купечестве доказательства отсутствия межвидовх границ, потому как искусственно зачастую легко создать межвидовые гибриды, не возникающие в природе. Слышал, что один мужик где-то в Европе опыляет палочкой дикорастущие орхидеи, плодит гибриды и описывает их как новые виды. И все это вполне законно. Для определения границ видов нужно доказать отсутствия продуктивного скрещивания именно в естественных условиях. Это сложно, но для растений возможно. Например, если я узнал что два близких вида цветут с разницей в месяц, то выиграл в лотерею. И т. п. Для животных тоже иногда возможно, например если выясняется что места спаривания или брачное поведение у видов сильно различны. Но обычно это очень трудно.

С целью понять, "что имел в виду исследователь когда-то давно", надо изучать типовые экземпляры. Но там (в коллекциях животных и гербариях) целой ДНК уже нет обычно. С другими критериями вида тоже туго: трупы ведут себя одинаково и ни с кем не скрещиваются :) Так что, кроме морфологии, не остается ничего. Отчасти именно поэтому морфология во главе угла, и морфологические навыки зоолога или ботаника являются и будут являться самими ценными вопреки Вашему утверждению, вложенного в уста некого анонимного директора ЗИН. Весь такой прогрессивный современный систематик, относящийся к морфологии по остаточному принципу, что будет делать, например, с линнеевским гербарием? Курить?

А что считают типовыми экземплярами микробиологи, тайна сия для меня велика есть. Вроде у них, свой кодекс номенклатуры с особенностями в этом пункте.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 02:03 
Не в сети

Зарегистрирован: 09 апр 2014, 23:33
Сообщения: 2156
Откуда: Хабаровск - СПб
ИНО писал(а):
А что считают типовыми экземплярами микробиологи, тайна сия для меня велика есть. Вроде у них, свой кодекс номенклатуры с особенностями в этом пункте.

Здесь всё просто. Чистая культура штамма депонируются в одну из официальных мировых коллекций. Видовое название бактериям можно давать только тогда, когда получена чистая культура. Исключения из этого правила очень редки. Описание нового вида цианобактерий, по-моему, разрешается делать только на основе исключительно морфологии, т.к. их часто сложно получить в виде чистой культуры. По разным подсчётам, примерно 90 - 99,9% существующих видов бактерий не культивируются, многие из них известны только по сиквенсам. На самом деле я не работаю в области бактериологии уже довольно давно и поэтому мог написать устаревшие сведения.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 02:37 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 25 сен 2023, 01:39
Сообщения: 2283
Ну вот, если не культивируется, то как быть? А те, что культивируются со временем не выражаются, становясь непохожими на диких предков? А почему бы просто не морозить. Вон, сперма человеческая мороженная десятилетии лежит, неужто бактерии нежнее?

А с кем Вы работаете и чей кодекс у вас там рулит?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 03:04 
Не в сети

Зарегистрирован: 09 апр 2014, 23:33
Сообщения: 2156
Откуда: Хабаровск - СПб
ИНО писал(а):
Ну вот, если не культивируется, то как быть?

Никак. Культуральные и физиолого-биохимические методы здесь не помогут. Возможно, какую-то полезную информацию даст изучение ультраструктуры клетки. Решающее значение здесь имеют именно молекулярные методы. С некультивируемыми бактериями работать очень трудно. Но любители работать именно с некультивируемыми бактериями есть.

ИНО писал(а):
А те, что культивируются со временем не выражаются, становясь непохожими на диких предков? А почему бы просто не морозить. Вон, сперма человеческая мороженная десятилетии лежит, неужто бактерии нежнее?

Честно сказать, я не знаю, как именно хранятся штаммы бактерий в официальных коллекциях - путём постоянных пересевов или в глубокой заморозке. Знаю только то, что срок хранения особым образом замороженных культур бактерий при минус 70 град. по Цельсию составляет несколько лет, потом особо нежные штаммы будут постепенно погибать. Поэтому их надо через несколько лет размораживать, оживлять, заново выращивать культуру и снова замораживать. Срок выживания бактерий, образующих эндоспоры гораздо выше. Хранить культур в жидком азоте можно дольше, но пользоваться жидким азотом очень неудобно, особенно когда культур много. Жидкий азот из сосуда Дьюара постепенно испаряется, его надо периодически туда подливать. Для перевозки жидкого азота нужен специальный транспорт. На практике чаще всего используют именно низкотемпературные холодильники (на -70 градусов).

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 04:03 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 19 авг 2020, 04:33
Сообщения: 2810
Откуда: Киев
Microbiologist писал(а):
Честно сказать, я не знаю, как именно хранятся штаммы бактерий в официальных коллекциях - путём постоянных пересевов или в глубокой заморозке.

Насколько я помню, что вирусы, что бактерии (возможно не все) хранят годами, а то и десятками лет в лиофилизованном виде в запаянных ампулах. Лиофилизация - криогенная, вакуумная сушка материала в специальных установках.
https://cyberleninka.ru/article/n/sohra ... sostoyanii
Microbiologist писал(а):
На практике чаще всего используют именно низкотемпературные холодильники (на -70 градусов).

Кельвинаторы (нарицательное как ксерокс), куда ж без них. Пиво в них народ охлаждать пытался, счет на секунды идет, чуть замешкаешься и привет. :D Но естественно не в тех в которых что то ценное длительно хранится, а такие которые каждый день открывают. При чем сам морозильник красиво открывается как в фильмах белая дымка из него струится. :)

Кстати бывают и ниже температуры держат
https://en.wikipedia.org/wiki/ULT_freezer
https://www.bsilab.com/product-category ... -86c-150c/


Последний раз редактировалось proton 24 мар 2024, 04:27, всего редактировалось 2 раз(а).

Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 04:20 
Не в сети

Зарегистрирован: 09 апр 2014, 23:33
Сообщения: 2156
Откуда: Хабаровск - СПб
proton писал(а):
Microbiologist писал(а):
Честно сказать, я не знаю, как именно хранятся штаммы бактерий в официальных коллекциях - путём постоянных пересевов или в глубокой заморозке.

Насколько я помню, что вирусы, что бактерии (возможно не все) хранят годами, а то и десятками лет в лиофилизованном виде в запаянных ампулах. Лиофилизация - криогенная, вакуумная сушка материала в специальных установках.

Я про этот метод совсем забыл. На практике им никогда не пользовался.

_________________
Микмед-2, Бимам, Биолам


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 04:34 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 19 авг 2020, 04:33
Сообщения: 2810
Откуда: Киев
Microbiologist писал(а):
Я про этот метод совсем забыл. На практике им никогда не пользовался.

Нам уже готовые ампулы приносили https://dzen.ru/a/YD-mKI8vW3C_L1Gv


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 06:39 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 03 мар 2018, 15:31
Сообщения: 311
Откуда: Иркутск, Прибайкалье
Microbiologist писал(а):
У Вас не примут описание нового вида к публикации на основе только лишь одних сиквенсов)). Но и без сиквенсов на основе лишь одной морфологии уже сложно опубликоваться в приличном журнале.

Вы забыли про "Кодекс Зоологической номенклатуры",
в соответствии с которым описываются новые виды животных.
--
Строение генотипа не может быть признано в качестве абсолютного критерия
для оценки правильности выводов при систематических и филогенетических построениях.
Что касается описаний "хромосомных" рас, то в настоящее время они таксономической силы не имеют.
Амёб брать не будем, а вот, например,
у бурозубки Sorex araneus при нескольких валидных "морфологических подвидах"
выделено уже более 75 "хромосомных" рас,
но с другой стороны -
бурозубка Sorex tundrensis имеет 11 явных "морфологических" подвидов на всем ареале вида,
при всего нескольких "хромосомных" расах.
--
Ну и про людей:
немцы и японцы - это явно разные виды рода Homo, так? :-)


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 07:02 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 03 мар 2018, 15:31
Сообщения: 311
Откуда: Иркутск, Прибайкалье
ИНО писал(а):
О, опять скрипит потертое седло, опять звучит чарующее слов "квартиль".

Слишком много расплодилось "функционеров от науки" - чиновников и бухгалтеров,
которые тупо не могут понять, как нужно ранжировать научных сотрудников.
Не соображают, что у одного может быть одна гениальная публикация за отчетный период,
а у другого 100 (но банальных), вот и делают вывод, что "этот с сотней публикаций в Scopus" явно более квалифицированный и маститый учёный :-(
Как раньше-то жили без всех этих рейтингов?
Ещё и зарплаты у этих функционеров заметно больше, чем у научников, которых они "курируют".
---
Или вот ещё пример:
Моя жена больше 30 лет работает врачом в детской поликлинике и каждые пять лет
должна подтверждать лицензию "на право врачебной деятельности" (аккредитацию),
это кроме того,
что постоянно защищает категорию (у неё высшая).
Внимание, вопрос: она через пять лет уже полностью забывает что такое быть врачом? Или как?
Вот где бред.
Кстати, расплодилась куча контор и конторок, которые оказывают врачам (которым некогда отвлекаться)
платные услуги по защите их категорий и получению аккредитаций.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
СообщениеДобавлено: 24 мар 2024, 07:21 
Не в сети
Аватара пользователя

Зарегистрирован: 03 мар 2018, 15:31
Сообщения: 311
Откуда: Иркутск, Прибайкалье
Microbiologist писал(а):
Также прошу обратить внимание любителей поспорить о том, должен ли учёный-энтомолог владеть молекулярными методами:
https://www.zin.ru/vacancies/files/2024 ... %D0%BA.pdf

И ещё про ЗИН (про опубликованный требник познаний ученого).
Много ли в России людей изучающих наездников семейства Diapriidae?
ИМХО, всего один и она живет в Питере и работает в ЗИНе -
https://www.zin.ru/staff/Chemyreva_V.G.html
Кстати, иногородним конкурировать бесполезно,
что станет понятно при сравнении размера зарплаты и платы за съём однушки в Питере.
https://spb.cian.ru/snyat-1-komnatnuyu-kvartiru/


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 288 ]  На страницу Пред.  1 ... 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18 ... 20  След.

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Bing [Bot] и гости: 20


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB
Яндекс.Метрика