ИНО писал(а):
А так да, если ты описываешь царство, то не обойдешься без упоминания слова "царство". Но это довольно редкое явление.
ИНО писал(а):
В то, что там при описании нового вида требуют начинать с царства, не верю. Кажется, майкробай путает описание вида со сдачей коллоквиума или экзамена
Назвать "царством" скрипя зубами можно Metazoa, Viridiplantae (высшие растения) и Fungi (все истинные грибы, не включая зооспоровые и миксомицеты) исключительно потому, что это монофилетические таксоны и по исторической традиции, а также на основе эколого-трофического критерия. Во всем остальных кладах эукариот (протисты и водоросли) "царства" очень трудно выделить. Кавалье-Смит являлся ярым сторонником традиционной "эволюционной" систематики и "филогенетическую" систематику (кладистику) не признавал, в своё время он опубликовал множество противоречивых работ, где пытался использовать "линнеевские" категории. Один и тот же таксон у него в разных работах часто оказывался, то типом, то царством, то надцарством, то ещё чем-нибудь. А всё потому, что не существует каких-либо чётких критериев, какой ранг присваивать той или иной кладе. Именно поэтому, большинство протистологов и альгологов в своих работах последних лет не признавали маросистемы Кавалье-Смит и предпочитали пользоваться удобной безранговой системой Adl et al., когда указывали таксоны высокого уровня. Примеры протистологических статей, где приводится
полное таксономическое положение новых видов инфузорий можно посмотреть в
[1, 2, 3, 4], разумеется, никакого царства Chromista там почему-то не упоминается (но "зоолог" ИНО считает иначе); высшими таксонами признаётся Alveolata и Infusoria без указания ранга; наименования рангов таксонов до типа иногда прописываются. В этих статьях
[5, 6, 7, 8] авторы прописывают
полное таксономическое положение описываемых новых видов без указания "линнеевских" рангов даже для мелких таксонов (хотя "зоолог" ИНО и его Иркутский протеже утверждают, что таких научных статей не существует).
ИНО писал(а):
Что же касается всяких безранговых таксонов высоких уровней (уже практически оксюморон: ранга нет, а уровень высокий - а насколько и по сравнению с чем высокий?), то это может быть оправданно только как временная мера, когда авторы нащупали родство, но сомневаются какой ранг выделенной группе стоит придать.
ИНО писал(а):
И раз уж предложил ее Линней, то всяким Руппертам, не говоря уж о мелких и пузатых майкробаях, стоило бы уважать хотя бы из-за временного приоритета. Предлагать что-то принципиально иное (=смена парадигмы) следует только тогда, когда это что-то дает реальные преимущества, признаваемые большинством, а также решает проблемы, неразрешимые в рамках старой парадигмы.
ИНО писал(а):
И традиционные ранги таксонов тут нисколько не помешали. Чем же они так помешали г-н Рупперту, а также г-ну майкробаю, х. з. Утверждения, будто бы филогенетические деревья каким-то образом с ними принципиально несовместимы, совершенно голословны.
Для примера на рисунках 1, 2 и 3 изображены филогенетические деревья Metazoa, взятые из разных источников (литература и номера страниц указаны в подписях к рисунку). Порядок ветвления, особенно в базальной части дерева может отличаться, но общая схема, по мнению большинства современных зоологов, более или менее одинаковая. Если мы возьмём для примера какой-нибудь тип из кроны дерева, например, Plathelminthes, то окажется, что от типа Plathelminthes до "царства" Metazoa следует ещё аж целых 7 монофилетических таксонов: Rouphozoa, Platytrochozoa, Spiralia, Protostomia, Nephrozoa, Bilateria, Eumetazoa. Но это ещё не всё. Клада Metazoa расположена в кроне дерева "супергруппы" Opisthokonta (рис. 4, 5) и от "царства" Metazoa до домена Eukariota находится ещё целых 6 таксонов высокого ранга: Choanozoa, Filozoa, Holozoa, Opisthokonta, Obazoa, Amorphea. В общей сложности получается, что от типа "плоские черви" до домена "эукариоты" нам потребуется целых 13 таксонов высокого ранга. Какие же вы собрались присваивать таксономические ранги этим 13 полноценным таксонам? Во имя сохранения традиционных "линнеевских" категорий вы хотите лишить их таксономического статуса, только по той причине, что у вас не хватает традиционных узаконенных рангов? Или, например, какой таксономический ранг вы присвоите протистам "Choanoflagellatea", которые являются сестринской ветвью Metazoa? Хоанофлагеллятам, которых известно, всего лишь немногим более сотни видов, придётся придавать ранг, что-то типа "надцарства" и никак иначе. Интересен и тот факт, что если мы будем спускаться от типа к классу, например у каких-нибудь представителей типа хордовых, расположенных в кроне дерева (например, птиц), то ситуация нисколько не поменяетя: между типом Chordata и классом Aves находится при самом скромном подсчёте, как минимум, 6 таксонов: Vertebrata, Tetrapoda, Amniota, Reptilia, Diapsida, Archosauria (рис. 6 и 7). На самом деле таксонов больше, я сознательно опустил некоторые таксоны. Иначе говоря, традиционных "линнеевских" рангов и в этом случае сильно не хватает, даже если использовать все дополнительные ранги. Может быть "линнеевские" ранги несут какую-то ценную информацию? И снова ответ отрицательный. "Линнеевские" ранги не только не несут никакой ценной информации, а напротив, только вводят в заблуждение и сбивают с толку. Например, "древняя" клада Cnidaria имеет гораздо более высокий ранг, по сравнению, например, с кладой Plathelminthes по различиям в геноме, по уровню расхождения ветвей на дереве и по геологическому времени расхождения ветвей от общих предков. Так же, как и, например клада Choanozoa (Choanoflagellatea) по тем же причинам явно выше по рангу, чем клада Cnidaria. Тем, не менее сторонники "линеевских" рангов придают им одинаковый ранг "тип". То же самое касается, клад, каких-нибудь рыб, круглоротых или амфибий с одной стороны, и птиц с другой стороны: клада Аves на филогенетическом дереве (рис. 6 и 7) выглядит просто мелочью - находится в кроне дерева (т.е. имеет очень мелкий таксономичский ранг) относительно таких крупных базальных клад, напрмер, как Amphibia, круглоротые или какие-нибудь рыбы. Но, тем не менее, нам предлагают все их считать таксонами одинакового ранга, т.е. "классами", потому что К. Линней в 18 в. так решил. Абсурд? Конечно. И от класса к виду всё будет в точности то же самое - катастрофическая нехватка "линнеевских" таксонов (со всеми надотрядами, подсемействами, трибами, секциями и т.п.) и "несопоставимость" по рангу таксонов в разных ветвях. Просто нужно понимать основы современной филогенетической систематики, и не писать глупых и наивных рассуждений.
ИНО писал(а):
Но в своих пророчествах от 2008 г. о том, что линнеевские ранги таксонов обречены на скорое отмирание, пророки громко пикнули в лужу.
ИНО писал(а):
И завязывайте уже с голословными утверждениями про "большинство". Надоело уже раз за разом доловить вас на откровенной брехне.
К вашему сведению, учебник Руперта является одним из лучших и всемирно известным учебником для изучения зоологии. В МГУ и СПбГУ, наряду с двухтомником Вестхайде, учебник Рупперта рекомендуется как основной для зоологов. Даже если брать российские чисто зоологические учебники последних лет, более или менее приличные, то и там в большинстве случаев - всё то же самое, система - безранговая. Например, откроем очень хороший учебник Борисановой по основам зоологии беспозвоночных, изданный МГУ совсем недавно, в 2021 г., и прочитаем:
"
В завершение описания современных взглядов на систематику животных нужно отметить тенденцию к отказу от использования традиционных таксономических рангов, таких как подтипы, классы, отряды. Вместо этого говорят о ветвях или кладах, разных уровней. Это связано с тем, что часто сестринские группы, имеющие ближайшего общего предка, оказываются неравнозначными по объёму, разнообразию представителей и количеству ветвей низших порядков, поэтому придание им одинакового ранга не имеет смысла."
[10, страница 6]. По-моему, вывод очевиден: БОЛЬШИНСТВО зоологов принимают именно безранговую систему. Товарищ ИНО, похоже, что как раз вы в паре с Иркутским насекомоведом в меньшинстве. Вы лишний раз демонстрируете очень слабое знакомство с современной литературой по этой теме, и, как следствие - очень плохо разбираетесь в этой вопросе.
ИНО писал(а):
Никогда не читал альгологиечских и, тем более, протологических журналов, а вот микологические - частенько. На месте там линнеевские категории.
Очень плохо читаете и мало. Вот примеры микологических статей
[15, 16], где вместо "линнеевских" рангов предпочитают употреблять слова "линия", "клада" или "группа", а сами "линнеевские" ранги употребляют только в историческом аспекте. Тенденция очевидна: в микологии тоже постепенно отказываются от "линнеевских" категорий и принимают безранговую систему.
ИНО писал(а):
Так что "революционную" литературу можно найти на любой вкус: неоламаркизм
Наследование приобретённых признаков может наблюдаться на протяжении нескольких поколений, постепенно затухая; связано это с метилированием и деметелированием ДНК, правда изменениния последовательности ДНК при этом не происходит. В некоторых недавних работах
[13, 14] на высоком научном уровне была рассмотрена потенциальная возможность целенаправленного изменения ДНК в ответ на изменения окружающей среды, т.е. самое что ни на есть наследование приобретённых признаков именно через направленное изменение ДНК.
ИНО писал(а):
Не совсем так, вернее даже, совсем не так. В случае с микробами просто употребляются почти исключительно молекулярные методы, так как другие на них толком не работают. И то это относится лишь к прокариотам. На тех же простейших морфологические методы применяются не менее активно.
Неверная информация. Среди протистов существует довольно много мелких видов с очень простой морфологией и ультраструктурой, например - многие мелкие жгутиконосцы и амебоидные протисты размером 5 - 10 мкм и применение одних только морфологических методов мало что даст. Или, например, микроскоридии. Много ли вы сможете определить видов микроспоридий лишь на основе одной морфологии? Здесь обычно действует правило - чем выше уровень мофологической дифференцировки клетки, тем успешнее можно применять морфологическе методы для разграничения видов и/или выяснять ход филогении. Однако многие морфологические структуры появились в процессе эволюции у протистов независимо в разных видах или даже в разных таксонах высокого ранга. Например, молекулярные методы показали, что быший "класс" Heliozoa (с весьма непростой морфологической дифференцировкой) на самом деле представляет собой несколько абсолютно неродственных групп высокого таксономического ранга. Поэтому для построения филогении протистов сейчас используют почти исключительно молекулярные методы, см. например статью
[17]. То же самое среди прокариот. У большинства прокариот простая морфология, но у некоторых актиномицетов и цианобактерий довольно сложная морфологическая дифференцировка, эти группы прокариот, всего лишь на основе морфологии нередко можно идентифицировать до рода, а иногда - до вида.
ИНО писал(а):
Иное дело, что у бактерий весьма специфический половой процесс, который ставит щекотливые вопросы уже к критериям вида.
В последнее время появилась информация, что горизонтальный перенос генов присутствует также среди эукариот, а также от прокариот к эукариотам и обратно. Поэтому общие критерии вида для всех агамных протистов так до сих пор и не разработаны. Вид у агамных протистов, - это некая абстракция, удобная для идентификации и/или практического применения. Даже молекулярные методы здесь не всегда помогают, потому что нет чётких критериев, какое значение молекулярной дивергенции принять за межвидовое, если изучаемые виды образуют сестринские клады на филогенетическом дереве. Так что, у агамных протистов разрабатывать критерии вида ничуть не проще, чем у бактерий.
Цитируемая литература:
1. Liao L., Hu Y., Hu X. Morphology, morphogenesis and molecular phylogeny of two freshwater ciliates (Alveolata, Ciliophora), with description of Pseudosincirra binaria sp. nov. and redefinition of Pseudosincirra and Perisincirra //Microorganisms. – 2024. – Т. 12. – №. 10. – С. 2013.
2. Wu T. et al. The morphology, taxonomy, and phylogenetic analyses of five freshwater colonial peritrich ciliates (Alveolata, Ciliophora), including the descriptions of two new species //Frontiers in Microbiology. – 2021. – Т. 12. – С. 718821.
3. Jiang L. et al. Taxonomy and molecular phylogeny of two new species of prostomatean ciliates with establishment of Foissnerophrys gen. n.(Alveolata, Ciliophora) //Frontiers in Microbiology. – 2021. – Т. 12. – С. 686929.
4. Lian C. et al. Systematic positions and taxonomy of two new ciliates found in China: Euplotes tuffraui sp. nov. and E. shii sp. nov.(Alveolata, Ciliophora, Euplotida) //Systematics and Biodiversity. – 2021. – Т. 19. – №. 4. – С. 359-374.
5. Kudryavtsev A., Voytinsky F., Volkova E. Coronamoeba villafranca gen. nov. sp. nov.(Amoebozoa, Dermamoebida) challenges the correlation of morphology and phylogeny in Amoebozoa //Scientific Reports. – 2022. – Т. 12. – №. 1. – С. 12541.
6. Becker B. M. et al. Isolation of Naegleria lustrarea n. sp.(Excavata, Discoba, Heterolobosea) from the feces of Ambystoma annulatum (Ringed Salamander) in Northwest Arkansas //Journal of Eukaryotic Microbiology. – 2024. – Т. 71. – №. 4. – С. e13031.
7. Jeon B. S., Park M. G. A Novel parasitoid of marine dinoflagellates, Pararosarium dinoexitiosum gen. et sp. nov.(Perkinsozoa, Alveolata), showing characteristic beaded sporocytes //Frontiers in Microbiology. – 2021. – Т. 12. – С. 748092.
8. Melton III J. T. et al. Phylogenomics of Thecamoebida (Discosea, Amoebozoa) with the Description of Stratorugosa tubuloviscum gen. nov. sp. nov., a Freshwater Amoeba with a Perinuclear MTOC //Protist. – 2019. – Т. 170. – №. 1. – С. 8-20.
9. Fromm B. A renaissance of microRNAs as taxonomic and phylogenetic markers in animals //Zoologica Scripta. – 2024. – Т. 53. – №. 6. – С. 754-762.
10. Борисанова А. О. Зоология беспозвоночных. Краткое изложение основ. Часть 1. М.: Товарищество научных изданий – 2021. - 158 с.
11. Giribet G., Edgecombe G. D. The invertebrate tree of life. – Princeton University Press. - 2020. - P. 589.
12. Rowe T. Chordate phylogeny and development //Assembling the tree of life. – 2004.
13. Стил Э. Д., Линдли Р. А., Бландэн Р. В. Что, если Ламарк прав? Иммуногенетика и эволюция. – Мир, 2002.
14. Животовский Л. А. Наследование приобретенных признаков: Ламарк был прав //Химия и жизнь. – 2003. – Т. 4. – С. 22.
15. Naranjo‐Ortiz M. A., Gabaldón T. Fungal evolution: diversity, taxonomy and phylogeny of the Fungi //Biological Reviews. – 2019. – Т. 94. – №. 6. – С. 2101-2137.
16. Hibbett D. S. et al. Phylogenetic taxon definitions for fungi, dikarya, ascomycota and basidiomycota //IMA fungus. – 2018. – Т. 9. – №. 2. – С. 291-298.
17. Tekle Y. I. et al. New insights on the evolutionary relationships between the major lineages of Amoebozoa //Scientific reports. – 2022. – Т. 12. – №. 1. – С. 11173.
18. Liu H. et al. A taxon-rich and genome-scale phylogeny of Opisthokonta //PLoS Biology. – 2024. – Т. 22. – №. 9. – С. e3002794.
Вся литература легко ищется и скачивается в несколько кликов.
Вход
Регистрация
FAQ
Поиск
Хм...
сначала посмотрим кто такая Борисанова Анастасия Олеговна (дай ей Бог долгих лет жизни).
