Я не очень в курсе темы по поводу измерений и масштабов и как они "съезжают" при фокус-стэкинге, хотя есть такие данные по некоторым программам и как с этим управляться в них и настраивать, но вроде бы этот момент ещё "до" программы сшивки решается применением телецентрической оптики, если не полностью (такая стоит как боинг), то по крайней мере со стороны объекта. И да - это именно бесконечные микроскопные объективы, разумеется с план-коррекцией, без которой говорить о измерениях линейных размеров даже при одиночных кадрах, не особо приходится, при использовании чего-то кроме центрального ограниченного "кружка" зрения, где кривизна ещё не успела всё испортить.
По крайней мере, я заметил чисто практически огромную разницу при том, как съезжает масштаб при стэке, когда стэк сделан обычными конечными объективами (в т.ч. планами) и как он остаётся в порядке, при пользовании бесконечными планапо, близкими к телецентричности со стороны объекта - у них не возникает ошибки параллакса, либо она в районе долей процента, т.е. может быть на уровне погрешности измерений, и не меняется масштаб картинки при перефокусировке от "носа" объекта до "кормы". Поэтому свои технические снимки, к которым прикрепляю шкалу, я со стэкингом делаю только с такой оптикой. Ради того её в первую очередь и покупал. С менее хорошо скорректированной - только если критичен какой-то участок объекта по точности размера и всегда сначала сравниваю его с масштабной шкалой, снятой в тех же условиях, с одиночным кадром и потом со стопкой, чтобы убедиться, что реальный размер как минимум критически важного фрагмента, никуда не уехал.
Очень рекомендую поискать и почитать темы по телецентрическим системам, в т.ч. собранным "на коленке из имеющегося добра" на известном ресурсе
http://www.photomacrography.netТакая проблема существует не только с микро- но и с макро, и именно для макро, иногда можно построить достаточно близкую телецентрической систему из имеющегося обычно у каждого "любителя возиться с объективами и фото" добра.