невозможность работы со вспышками"

За такие деньги я лучше фулфрейм Sony A7 возьму, ну нафиг этот недофотоаппарат.

Зачем микроскописту фулфрейм? Только лишние сложности...

Интересно у FF на матрице честные пиксели или псевдопиксели как у большинства кроп 1,5 с разрешением более 10м

Все байер матрицы, в ни зависимости от размера устроены примерно одинаково. Количество мегапикселей, которые указывают в технических характеристиках камеры- это, если точно, количество субпикселей, которые дают количество честных ячеек восприятия сцены, как правило в 4 раза меньше количества субпикселей (2 зелёных, 1 красный, 1 синий). Но преобразование по Байеру позволяет довести разрешение камеры до количества субпикселей, однако вследствие такого преобразования картинка получается теоретически замыленной, что всегда требует программного увеличения контурной резкости (явно или скрыто).

Сделать горизонтальные макрорельсы для передвижения фотоаппарата из подручных средств - раз плюнуть..

Но рельсы более удобны для макро, а при съёмке в больших масштабах и с микрообъективами встаёт проблема точного совмещения оптической оси объектива и линии перемещения.
Лучше для этой цели использовать шасси микроскопа, там эта проблема меньше (за счёт более однозначного закрепления камеры за посадочное место объектива.
Используя, ременную передачу на макровинт микроскопа (ММУ-3) вполне легко получить шаг перемещения меньше 8 микрон (за полушаг шагового двигателя). Это позволяет снимать в масштабе 10:1, а если на ФуллФрэйм то, наверно и 20:1.
Использовать более дробные шаги (менее полушага) я не рекомендую- при единичных перемещениях они не точны, не стабильны,имеют малую мощность позиционирования, склонны к перескокам. (их обычно используют для плавных разгонов мотора, чтоб шаг не вызывал вибраций, но драйвера с этой функцией дороже и относятся к профессиональным).